Juba 1219. aastal alanud katoliku kiriku ajalugu Tallinnas katkes 1561. aastal, kui all-linna raad ja Harju-Viru rüütelkond vandusid truudust protestandist Rootsi kuningale Erik XIV-le ning likvideeriti siinne katoliiklik piiskopkond. Seoses Poola võimuperioodiga (1582 – 1629) kestis Lõuna-Eestis katoliiklus kauem, Tartust kujunes tänu jesuiitide tegevusele isegi oluline vastureformatsiooni keskus, kuid Rootsi vallutus 1625. aastal tegi sellele lõpu. Rootsi ajal oli katoliiklus Eestis ametlikult keelatud, kuigi siin üksikuid katoliiklasi kindlasti leidus.
